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Häufig gestellte Fragen (FAQ)


Antwort zur Frage 1: Was sind lebensmittelbedingte Zoonosen?

Zoonosen sind sind grundsätzlich Infektionen, die von Tieren auf Menschen und umgekehrt übertragen werden können.
In dem Forschungsverbund FBI-Zoo spielen besonders bakterielle Lebensmittelerreger eine wichtige Rolle. Lebensmittel können hierbei quasi als Übertragungsvektor dienen, wenn lebensmittelliefernde Tiere wie Rind, Schwein oder Geflügel mit bestimmten zoonotischen Erregern wie Shiga-Toxin bildenden Escherichia coli, Salmonellen, Campylobacter spp. oder Yersinia enterocolitica belastet sind und somit auf den Endverbraucher Mensch übertragen werden können.

Häufiges Problem ist hierbei der Umstand, dass bei lebensmittellliefernde Tiere oft keinerlei Erkrankungen durch diese bakteriellen Erreger hervorgerufen werden und somit unentdeckt bleiben, während dieselben Erreger beim Menschen zu schweren Erkrankungen führen können.

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Antwort zur Frage 2: Warum werden zur Charakterisierung von Isolaten vorwiegend DNA-Sequenzbasierte Typisierungsverfahren eingesetzt

Die Typisierung von bakteriellen Isolaten, die im Zusammenhang mit Krankheitsausbrüchen stehen, ist ein wichtiges Werkzeug, um epidemiologische Daten und Informationen über den Verwandschaftsgrad der jeweiligen Isolate zu gewinnen.
Bisherige Typisierungsverfahren basieren auf der serologischen Charakterisierung. Dieses hat unter anderem die Nachteile, dass Serotypisierungen schlecht zu standardisieren und automatisieren sind, Serotypisierung besondere Erfahrungen voraussetzt und die Beschaffung und Bereitstellung der notwendigen Reagenzien sehr zeit- und kostenaufwendig ist. Daher ist eine Reproduzierbarkeit häufig schwierig und valide Durchführung dieser Typisierungsmethoden Speziallaboratorien vorbehalten.

Durch die Sequenzanalyse ausgewählter Gene mittels der Multilokussequenzanalyse oder Singlelokussequenzanalyse ist es aber möglich, klare und reproduzierbare Daten zu generieren. Durch den technischen Fortschritt sind Sequenzierungen mittlerweile relativ günstig und in einem großen Maßstab möglich. Die Auswertung und Speicherung der generierten Daten ist zudem durch Computereinsatz wesentlich effizienter als die herkömmliche Serotypisierung.

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Antwort zur Frage 3: Was ist eine epidemiologische Studie?

Die Epidemiologie befasst sich - nach Definition der WHO, 1990 - mit der Untersuchung der Verteilung von Krankheiten und Krankheitsfolgen in Populationen sowie mit den Faktoren, die diese Verteilung beeinflussen. Im Kontext Tier - Lebensmittel - Mensch führt  dies zu einer weiten Bandbreite von Problemen, deren Vielfalt als typisch für die Epidemiologie im Gesundheitsbereich gelten kann. Kernpunkt ist allerdings stets, dass eine Aussage über Populationen, d.h. über Gruppen von Tieren, Lebensmitteln oder Menschen gemacht werden soll. Die moderne Epidemiologie geht damit weit über den klassischen Epidemiologiebegriff im Sinne der Ausbreitung von Krankheiten hinaus. 
Da sich epidemiologische Studien in der Regel mit Fragen beschäftigen, die große Gruppen betreffen (also z.B. alle Menschen einer Stadt, alle Schweine Niedersachsens…), werden von möglichst vielen Individuen Informationen erfasst. Hierbei ist es wichtig, dass die zu untersuchenden Individuen geeignet ausgewählt werden (z.B. Menschen aller Altersgruppen, Schweine aus verschiedenen landwirtschaftlichen Betrieben). Außerdem dürfen die Untersuchungen nicht zu zeit- und kostenintensiv sein. Häufig werden Fragebögen benutzt, in dem Lebens- und Ernährungsgewohnheiten (z.B. Verzehr von rohem Fleisch bei Durchfallerkrankungen), aber auch Angaben zu Risikofaktoren, die mit dem untersuchten Gegenstand verbunden sein können (z.B. beruflich bedingte Erkrankungen), erfragt werden.

So beginnt das Planung einer epidemiologischen Studie nach der "Guten Epidemiologischen Praxis" mit einer exakten Formulierung der Fragestellung sowie einer sorgfältigen Auswahl der Probanden. Danben werden der benötigte Stichprobenumfang, ein geeigneter Studientyp und das geplante Auswerteverfahren detailliert festgelegt. Nach der Durchführung der Untersuchung unter Beachtung der Qualitätssicherung werden alle erhobenen Daten sorgfältig in einer Datenbank zusammengetragen und mit Hilfe spezieller Programme statistisch ausgewertet.

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Antwort zur Frage 4: Warum wird ein Data-Warehouse für FBI-Zoo entwickelt

In der Vergangenheit hat sich häufig bei Netzwerkaktivitäten gezeigt, dass die Forschungsergebnisse nicht nachhaltig über die Projektförderungsdauer allgemein verfügbar blieben. Dem soll im FBI-Zoo Netzwerk durch die zentrale Speicherung möglichst aller Forschungsdaten in einer zentralen Datenbank, i.e. ein Data-Warehouse, entgegen gewirkt werden, damit die Daten für Sekundär- und/oder Meta-Analysen auch in Zukunft zur Verfügung stehen.

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Antwort zur Frage 5: Warum wird eine Re-Sequenzierungs- und Bioinformatik-Plattform als projektübergreifende Aktivität benötigt

Zwar gibt es bereits BMBF geförderte Genomsequenzierungsplattformen (de novo Sequenzierung), allerdings sind die Anforderungen und Technologien bei der routinenäheren Re-Sequenzierung in der Infektionsepidemiologie grundsätzlich verschieden, so dass ein Bündelung der Kompetenz für diese Anwendungen in Deutschland sich ebenfalls anbietet.

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